影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身体，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

伊达的朋友米莉亚姆来到温特斯坦魔法学校待三个月，但一个秘密却让她们的友谊蒙上了阴影。米莉亚姆被分配了一只狐猴菲茨杰拉尔多作伴，而坠入爱河的麦克斯则得到了猫头鹰穆里尔。当学校面临出售时，魔法世界也陷入了危机。即将到来的学校挑战能否阻止这场灾难，拯救学校呢？